Debido a la devoción que se tenia a San Francisco el Tercer Marques de los Vélez Don Pedro Fajardo decidió en torno al año de 1574  que se fundase en la villa el convento y realizo las gestiones de las obras, las continuo  su viuda. y posteriormente por el Concejo.  Su inicio  se encuentra junto al hospital de San Pedro. Situada a las afueras y cercana a la primitiva entrada de la villa.
El convento de Descalzos Franciscano, se concluye en 1577  consta de una nave central con 14 capillas laterales sostenidas las capilla por arcos fajones, el material predominante era la piedra para las paredes y  la techumbre primitiva era de madera decorada con motivos florales. El arco de entrada realizado en 1554 por el oficial de cantería Domingo Hernández,  en forma de arco de triunfo. El hueco de la hornacina de la entrada se encuentra actualmente en el arco de entrada al Monasterio de la Encarnación.
El claustro anexo es un poco posterior y data desde el comienzo del Siglo XVII y levanto en parte sobre el Hospital de San Pedro. El templo es reformado bajo  el gusto barroco, ampliando el coro y se realiza una bóveda debajo de la original, como si se hubiera construido una iglesia debajo de la primitiva. Se coloca una espectacular veleta con forma de ángel en la torre-campanario
Destaca la pintura mural en la capilla izquierda del crucero (azuletes barrocos) y sobre todo en el antiguo camarín de la virgen de la Purísima  donde en los rodapiés existen pinturas del Siglo XVIII, con motivos del antiguo testamento
Como era habitual,  las diferentes capillas laterales eran privadas y pertenecían a diferentes familias como la Varcalcel, Belluga y otras influyentes de la Villa. En las cuales se conservan los escudos heráldicos sobre las capillas que servían como lugar de entierro para sus propietario ya que se pensaba que al descansar el cuerpo del difunto en una iglesia se tenia mas cerca el cielo.
El hecho que mas fuerza le ha dado a este convento es que el Franciscano Don Pablo Manuel Ortega, conocido como Pedro Ortega, natural del lugar de Fonrubia, Cuenca,  estudio e impartió clases de filosofía en dicho convento convirtiéndose en un importante foco cultural       
Este convento tuvo vida hasta la desamortización del año 1836 dónde sus esculturas  y algunos retablos pasaron a otras iglesias de Mula entre ellas Santo Domingo (Retablo del Altar Mayor Destruido en la Guerra Civil)  y el  Real Monasterio de la Encarnación (Camarín de la Virgen).
Ante la gran afición del espectáculo en Mula, decidieron los muleños utilizarlo como teatro a partir de 1876. Mucho mas tarde se decidió abrirla al culto y restaurarla hasta que fue arrasada en la Guerra Civil siendo desde entonces utilizada como granero y almacén de pieles de tambor. Desde 1996 esta abierta al publico. Se ha restaurado en fases sucesivas hasta presentar el magnifico aspecto que hoy en día podemos admirar.